水質保護之目標在於防治水污染，確保水資源之清潔，以維生態體系，改善生活環境，增進國民健康。在政策推動上，本署以分期、分階段方式，採排放源管制措施與污染整治雙軌方式執行，並透過「持續性計畫」與「專案計畫」並重，及結合社會資源，由政府及民間共同參與、合作，以達強化水體環境基礎、營造優良水生態環境、降低社會經濟活動對環境之衝擊，落實國家永續發展之目標。

壹、河川湖泊污染防治
　　接續「台灣地區河川流域及海洋經營管理方案第一期計畫(90-93年)」及「河川及海洋水質維護改善計畫(94-96年)」，97年起續執行第二期「河川及海洋水質維護改善計畫(97-100年)」，賡續採用自然淨化、加強淨化及現地處理等，推動河川水體水質改善處理，並配合污染稽查管制、清除河面垃圾、加強教育宣導與民眾參與河川巡守，及利用既有廢污水處理廠代處理河川水或家庭污水等各項措施，減輕河川污染負荷量，達水質改善目標。
另加強都會型河川復育與整治，針對國內流經都會區之河川或支流，進行復育與整治，有效改善環境髒亂與周遭水域景觀。優先擇選基隆市田寮河、台北縣中港大排、台南縣二仁溪、高雄縣鳳山溪及屏東縣萬年溪等5條河川，進行整治。
配合「水庫集水區保育綱要」實施計畫，以生態工程進行水庫集水區污染減量，並研擬各區非點源污染最佳管理措施(BMPs)。

貳、生態治河
　　配合行政院「挑戰2008：國家發展重點計畫--水與綠建設計畫」之「生態治河親水建設」重點工作，本署自民國91年起，視河川水質現況及現地情形，以水質淨化為主軸，採近自然生態工程(或現地處理工程)等方式，加強推動河川污染整治。
　　近自然生態工程(或現地處理工程)，有別於傳統的污水集中處理方式，係在各污染源附近利用建置人工溼地、礫間接觸曝氣氧化、漫地流等設施，透過污水與自然環境中的氧氣、土壤、微生物、植物交互作用，達到水質淨化的目的，並於工程設計時，考量整體自然環境現況，同時改善場址周遭之景觀，並達生物多樣性及生態教育之功能。
　

參、事業廢水管理
　　建置、管理事業廢水許可、申報及管制資料庫，定期進行資料異常查核、更新維護及統計運算，以掌握國內事業廢水污染源現況；執行相關水措規範及落實檢測、監測、申報內容之管理，督促事業維持廢水處理設施功能正常操作、採取合理的預防措施，以減少污染產生；進行特定工業製程廢水有害物質特性調查分析，強化對高科技廢水及新興污染物之管制。
依「環境基本法」及「水污染防治法」污染者付費精神及環境公平正義原則，規劃向排放廢污水者，依其污染排放量徵收水污染防治費，期促使污染者主動減少排放量，並將徵收之水污染防治費專款專用於水體水質改善，以加速提昇水體水質。

肆、工業區下水道及生活污水管理
　　推動工業區聯合污水處理廠水污染防治重點稽查、取締與管制，及執行工業區專用下水道系統查核評比之改善追蹤輔導，以落實工業區污水下水道系統水污染防治與自主管理；以「先全面宣導、勸導性巡查、再稽查處分」原則，輔導、查核社區下水道系統正常操作管理；鼓勵研發及評估生活污水處理後回收再利用技術及可行性；推廣生活污水源頭減量措施，及輔導學校、機關等設置生活污水處理回收再利用設施，有效多元再利用水資源。

伍、海洋污染防治
　　為防治海洋污染，保護海洋環境及永續利用海洋資源，逐年建置海洋污染源及化學品資料庫，並加強管制陸源污染、海洋棄置及海上船舶污染，同時應用衛星與無人載具(UAV)遙測技術，協助稽查污染海洋行為。另賡續檢討充實、更新、整合海洋油污染緊急應變器材及設施能量，辦理海洋油污染防治及處理緊急應變演練及人員訓練養成，以強化海洋污染緊急應變能力，維護海域生態環境，增進國人健康與提升生活品質。

六、淡水河系污染整治
　　推動「淡水河系污整治後續實施方案(87-96年)」及「淡水河系污整治後續實施方案第二期近程(97-100年)計畫」，持續進行流域內事業廢(污)水排放管制、推動現地處理工程、污水截流系統之操作、及加速下水道系統用戶接管及民眾參與等，以確保自來水取水口水質安全，改善淡水河水質。

參考網站：http://www.epa.gov.tw/ch/artshow.aspx?busin=235&art=2008110711440315&path=12091