環境保護協議書尤需進一步推動立法
但目前公害糾紛處理法之規定，大都規範污染源在已發生污染事實時，政府各級調處委員會所採取的一些處理方式，但在已發生污染事實時，受害民眾一般情緒激昂，聚眾圍廠，暴力脫序行為也層出不窮，政府或廠商有時也誤導這些受害民眾為環保流氓，容易造成對立衝突，浪費社會成本，有時民眾圍廠抗爭，甚至會要求污染源轉業輔導、遷廠、遷村、受污染土地加以地目變更另作他用、廠方簽署切結書保証日後不得再犯，否則任憑處置等等的訴求，凡此，大多數超出環保機關的職權，如果環保機關願意出面充當調人，促使廠方與受污染民眾達成協議最好，在有政府機關的見証背書下，有利於民眾取得日後求償或要求廠方履行諾言的有利地位。但一般縣市環保局大都不願蹚此混水，如此一來則需借重公正的第三者，包括環保團体、調解委員會、及公害糾紛調處委員會等組織。
就以上的團体組織而言，環保團体大都僅具民間社團法人的地位，如果在環保團体的居中協調見証下，民眾與廠方達成賠償或允諾遷廠等協議內容，進而簽署切結書、協議書，在環保團体缺乏公權力的情形下，廠方是否履行諾言，端視廠方是否有良心誠意而已，切結書或承諾書的法律效力不高。如果廠方惡意違約，拒不履行諾言，則受害民眾也僅能持廠方的切結書前往法院控告廠方背信，由於背信罪係屬民法，在訴訟過程曠日費時的情形下，廠方依然故我繼續製造污染，受害民眾仍然拿污染工廠沒輒。
至於鄉鎮市或縣市政府的調解委員會，則具有準司法機關的定位，可由一方提出申請調解，其調解結果，與民事確定判決有同一之效力，但因調解委員會也僅是邀請兩造雙方溝通協調，如果雙方對峙激烈，或居民所提出的要求，廠方認為是無理要求，或是根本無力實現而拒不妥協，甚至拒不參與開會調解，因調解委員會並不具有仲裁的權力，徒負惘然。
另各縣市政府的公害糾紛調處委員會，與調解委員會一樣，具有準司法機關的定位，但對公害糾紛的受害者而言則較具保障，並可讓公害糾紛事件，回歸公害糾紛處理法的法制層面解決，因為依公害糾紛處理法所成立的各縣市公害糾紛調處委員會的成員，包括有縣市長、有關機關代表、環境保護、法律、醫學及社會公正人士組成，與一般調解委員會大都為社會賢達人士擔任相比，較具專業性，能就專業立場替受害民眾申冤。
而依公害糾紛處理法第三十條之規定，調處經法院核定後，與民事確定判決有同一之效力，當事人就該事件不得再行起訴，其調處書得為強制執行名義。事業得與所在地居民簽訂環境保護協定，經法院公証後未予遵守時，就公証書載明得為強制執行之事項，得不經調處程序，逕予取得強制執行名義。而若調處不成，還可申請再調處，及向行政院環保署設立的公害糾紛裁決委員會申請裁決損害賠償。
而裁決委員會，置主任委員一人，委員七至十人，裁決委員會之裁決，由主任委員指定委員三或五人以合議行之，以指定委員過半數之意見決定之，而為避免污染廠商拒不到場參與裁決，而無法達成協議，同法施行細則第三十一條更規定，「裁決委員會行詢問期日，當事人一造經合法通知無正當理由不到場者，得依到場當事人申請，由其一造陳述而為裁決；不到場之當事人，經再合法通知而仍不到場者，並得依職權由一造陳述而為裁決」。此一規定對於受害民眾較為有利，可迫使污染工廠不得不出面解決爭端。
但是，公害糾紛調處委員會也非萬靈丹，因為同法第二十五條規定，「調處委員會為判斷公害糾紛之原因及責任，得委託環境保護主管機關、其他機關、機構、團体或具有專業知識之專家、學者從事必要之鑑定」，第四十三條規定，「依本法申請之調處、再調處、及裁決，得收取調處費、再調處費、裁決費、鑑定費及証據調查費用」。雖然同一法條規定，其鑑定費用可由政府先行支付，如經確定其中一造當事人應負公害糾紛責任時，由該當事人負擔之，並負責返還政府。
事實上，眾所周知，有時污染可能只是發生於一時，即使所造成的影響即深且距，但除非「人贓俱獲」，否則根本難以舉証，例如工廠利用黑夜排放黑煙，在照相機及錄影機難以拍下污染現況的情形下，試問如何舉証？而民眾依肉眼判定確有污染，或親身体會遭受污染危害，但民眾在當時缺乏環保機關認定的科學儀器取樣鑑定下，又有何通天本領提供証據送交鑑定？再則，一般的調解委員會完全免費受理民眾申請，但公害糾紛調處委員會卻得收取鑑定、証據調查等費用，對受害民眾而言也較為不利。因此近年來各縣市府公害調處委員會所受理的案件少之又少，調處成功者也只佔少部分，大部分都不成立。
如果訴諸調解管道無法順遂，另也可循民事訴訟的方式進行，但事實上，對簿公堂也有其諸多困難點，包括一般民眾不喜興訟，訴訟過程曠日費時，纏訟三、五年的官司不時可見，而勝敗未決前，民眾仍需忍受污染危害，情可以堪。再則聘請律師等訴訟費用從何而來，民眾集資或募捐都不無疑問；而由那些人代表受害居民提出訴訟，也可能導致內部爭議，經常發生相互推諉，沒有人願意扮黑臉挺身而出，以免被污染廠商惱羞成怒，施以暴力威脅的情形，再加上採証困難，財大氣粗的廠方可聘請知名律師進行長期抗戰，勝負實不言可喻。
公害糾紛處理以發生污染事件後的處理為重點，至於環境保護協定書，則可防範未然，由當地居民、自治團體或地方政府與污染源簽署環保護協定、公害防治協定書，明列協議的標的，設置監督委員會、隨時可進廠調查並進行污染狀況監測、廠方不得藉故拒絕，要求履行環境影響評估書之各項諾言，提高環境保護經費，加強環境維護，遵守特別約定之環保標準，建立損害賠償及公害糾紛之處理模式，回餽地方各項建設，提出違約保証金及管理處置辦法，定期替居民做身体健康檢查，替民眾投保意外險，以確保環境免於遭受破壞，建立雙方的監督模式，及事後賠償辦法。
但目前有關環境保護協定書的法源依據薄弱，是否可送交法院公証及取得強制執行之效力頗有爭議，過去即曾有污染源願意簽署公害防治協定書，但最高法院裁決不接受公証的情形，因此協定書的效力仍有待進一步立法確保。
環保署自民國八十七年起修改公害糾紛處理法部分文後，雖開始推行環境保護協定的觀念，但成效並不佳，一般民眾大都不知道有此一協定，相當可惜。
現有的環保法令大都偏向於公害事後的告發取締，對於可事前防範的法令制定著墨較少，而部分企業更抱持著僥倖與敷衍的態度，事前輕忽污染防治，事後對受污染民眾的抗爭行動愛理不理，等到事態嚴重，才想應付擺平，對主要癥結所在的污染問題並未誠意想加以改善解決，因此，在台灣的環保運動還在摸索學習階段，環境權未入憲，現有法律、規章尚無法全面消除及解決公害糾紛之際，環保自力救濟行動未來仍將持續下去。
但為避免公害糾紛事件戕害廠商的經營權，甚至衍生社會事件，政府單位也不應該將民眾與污染源的公害糾紛視為一般的民事糾紛，基於公害糾紛攸關公眾利益，及維護社會秩序之必要，俾讓民眾的環境權與廠商的生存權得到平衡，未來政府單位應該給予更多的協助，包括資訊公開化，環境影響評估充份容納民眾的意見，加重對業者的處罰，以收嚇阻效果，強化公害糾紛調處的功效，簡化公害糾紛的訴訟與理賠程序，強制業者對可能產生的公害替民眾投保意外險，立法確認環境保護協定書的法律效力，讓非理性的圍廠抗爭回歸法制，以使公害糾紛得以迅速且圓滿的解決，是政府當今的一大課題。
制定環境保護協定書的相關法令好處繁多，試簡單列舉一、二如下：
〔一〕可讓目前公害糾紛處理法中有關環境保護的規章更為明確，甚至有範例或範本可循。
〔二〕、現行環境影響評估法中，有關民眾意見調查的部分，工程顧問公司美其名有進行問卷調查，但工程顧問公司即然受事業主的委託，在以營利為目的下，問卷內容設計及尋找地方意見領袖時，一定處處替事業主著想，或是問卷的問題避重就輕，未能切入重點，或是刻意引導對事業主有利的問答，或是事先剔除可能反對的人士，不列入訪談之列，或是詢問的人數過少，樣本數不足，而環保署或各縣市環保局在進行環評審查會中，也未能就民意反映的部分進行深入查証，造成環評審查委員會被誤導，一旦民眾發現環評過關，再持反對意見時，容易激發群眾抗爭，屢屢抨擊環評審查流於黑箱作業，或是委員殆忽職守，徒具橡皮圖章而已。若立法要求重大建設或大型污染源，或有污染之虞的工廠在設廠之前，即與當地居取得環境保護協定書的協議，甚至在環境影響評估中做為附件，如此一來，民眾在資訊透明化下，當可讓環境影響評估審查時，更能充份展現民眾的意見，以事先的溝通協調，化解日後可能的抗爭，比公害糾紛處理法事後補救的措施更先進。
〔三〕環境保護協定，可取得比現行環保法令更嚴格的要求，以因應地方需求，例如預拌混凝土工廠可能位於住宅區旁，經常夜間十點還在作業，但只要噪音等不超過環保法令，任誰也拿工廠沒辦法，但若與地方居民取得環境保護協議，則可限制工廠晚間八點後不得作業，減少民怨抗爭。
〔四〕不可否認，有些環保抗爭夾雜地方政治、派系、選舉恩怨，甚至另有所圖者，部分抗爭者甚至只是藉由抗爭圖謀私利，是謂環保流氓，而工廠若息事寧人，給予帶頭抗爭者好處，容易衍生諸多問題，甚至造成帶頭者與不知情的其他群眾對立的情形，紊亂環保抗爭的本質，而此一環保流氓的行為也不見容於社會，如果能藉由環境保護協議書的機制，可讓周遭社區民眾有一組織，在資訊公開下，隨時督促事業主做好環保，事業主有一透明化溝通的管道及運作模式，避免私下授受，或地方民眾意見不一時，無法與地方達成協議，事業主也可專心做好環保工作即可，避免有人藉機敲詐勒索，甚至食髓知味，讓事業主窮於應付。
〔五〕目前事業主的環境監測有時流於形式，或是根本未能公開讓民眾知道，如果由地方居民、環保團體、地方政府共同監測，更具公信力。包括台中縣公害治協會與彰化縣公害防治協會、台中市新環境促進協會、南投縣生態保護協會及財團法人福爾摩莎新世紀環保基金會等中部四縣市的環保團體，十餘年來共同監測台中火力發電廠，此一打破地域籓籬限制，而跨縣市合作的平行監測工作，在有大學環科系等學術單位進行各項數據的研析比對下，深具學術性，並廣獲環保署、各學術單位、各大投資事業所引用。相關數據除透過每二個月發行一次的環保聯訊〔中部地區唯一的一份環保刊物〕刊物對外公佈外，民眾也可上網站查詢相關數據資料，真正做到公開、公正的平行監測任務，在台電各電廠各項委辦監測工作中係屬佼佼者，也為公營企業委託民間環保團体進行監測工作建立良好架構，環保署於民國八十七年委託全省二十一縣市環保團体，進行空氣品質改善維護計劃，即比照此案辦理。而此一平行監測模式實為環境保護協議書之雛型，除對中部地區空氣品質的維護助益甚大之外，台中電廠發電量幾為全亞洲各火力發電廠之冠，但從計畫設廠至今十餘年來，從未遭到附近居民以空氣污染為由而圍廠抗爭，建立公營企業與環保團體、地方民眾良好的溝通機制，化解民眾對電廠加設機組可能加遽污染量的疑慮，台中電廠並取得ＩＳＯ１４０００環保認証，即可窺見其成效，此一合作模式，對政府形象、公營企業、環保團體、縣市環保局、中部地區民眾而言，是一種共贏的局面，值得繼續推廣。
另以宜蘭縣政府要求台泥簽署環境保護協議書為例，縣政府為確保企業主忠實履行環境影響評估報告書之內容，並與企業主約定較嚴格之環保標準，認為與企業主簽訂環境保護協議書，是一種可主動調和經濟發展與環境保護之衝突，彌補現行環保法令及制度乏缺失，以及增進地方民眾權益之可行途徑。但簽訂環境保護協議書，確係一項創新之作為，因此協議書簽訂對象之選擇及簽訂之議題或要求，即格外顯得重要及必須謹慎，因為簽訂環境保護協議書，雖有很多優點，惟其作業極為繁複，如每一類污染性工業，均要求以簽訂環境保護協議書來作為管制或設立與否之依據，也將造成承辦單位作業上之因擾，且將因無制度可循，而造成各類協議書內容參差不齊及回饋金額、所提出的環保標準要求不一致之情形，因此簽訂環境保護協議書，必須由地方政府提出一些前題或基本要求，如企業主業已符合基本要求，再與之議定協議書之內容。例如宜蘭縣政府與臺泥蘇澳廠簽訂環境保護協議書前，即提出了下列的前題，包括制定宜蘭縣水泥業新增設廠之管制方案、台泥公司所提出之環境影響評估報告書，須經由該縣新增設污染性工廠審查小組審查通過，而有關土地資源、空氣品質與交通運輸上還須符合環境保護法令較嚴格之標準，至於回饋措施則需繳交環境使用費、生態復育費等，其費用可委由專家估算。
環境保護協議書之簽訂，確實可彌補現有環保法令之不足之處，並使經濟與環保尋得平衡點。惟因目前並無明確法源可以依循，因此推動環境保護協議書之制度，也會遭遇一些問題。例如宜蘭縣政府與台泥的協議書，宜蘭縣政府認為係私人契約之一種，且無損於人民之權益，因此無需送縣議會審議。但縣議會主張簽訂該協議書，已涉及人民之權利義務，並非單純之私人契約關係，認為縣府需先訂定收費辦法，送議會審議通過後，始得與企業主訂立環境保護協議書，因此縣政府才依縣議會之決議，訂定宜蘭縣水泥業新增設廠環境使用費收費暫行辨法，送縣議會審議，並獲議會審議通過後實施。
隨著時代潮流的演進，環保意識之抬頭，推動環境保護協議書制度，確是未來解決環保問題，消弭公害糾紛的新模式。但因目前各類型的污染狀況不一，而各地民情也不同，事業主到底應與多大範圍內的民眾取得協議才算數〔類似公民投票的範圍無法拿捏一樣〕，或是地方政府應由誰來代表簽署也有爭議〔諸如台電電源開發基金會的回餽經費是否需透過縣政府分配，或是可直接撥款給鄉鎮市公所或民眾〕，是否造成各級地方政府互爭利益或互相推諉責任等問題，也有其不得不慎之處，為避免治絲益棼，反而衍生後遺症，因此如何研擬出一套通體適用的環境保護協議書法令，或是藉由現今的公害糾紛處理法再充實有關環境保護協定的法條與規範，值得進一步研究，有待集思廣義，方能臻於完善。